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布局设计时，在满足不同功能的实验室需求的同时，应尽量考虑按实验工作的流程来进行合理的布局，减少工作人员作无谓来回走动，即效率原则。另外，在进行仪器室的布局设计时，应尽量避免不同仪器间相互干扰的问题。
洁净室按用途分类
1、工业洁净室：以无生命颗粒（包括无机性微粒和有机性微粒）的控制为对象。主要控制无生命微粒对工作对象的污染，其内部一般保持正压。它适用于精密工业、电子工业、航空工业、化学工业、原子能工业、印刷工业和照相工业等部门。
2、生物洁净室
以有生命微粒的控制为对象，又可分为：
一般生物洁净室：主要控制有生命颗粒（例如单细胞藻类、菌类、原生动物、细菌和病毒等）对工作对象的污染。内部一般保持正压。实质上这是一种结构和材料允许进行灭菌处理的工业洁净室，可用于食品工业（防止变质、发霉）、制药工业（高纯度、无菌制剂）、医疗设施（手术室、制剂室、调剂室）、动物实验室（无菌动物饲育）和研究实验设施（理化、洁净实验室）等部门。
生物安全洁净室：它要求控制的室内参数基本上与一般生物洁净室相同，主要控制工作对象的有生命微粒对外界和人的污染，不同的是室内要求静压比周围环境低（即负压度）。用于研究实验设施（细菌学、生物学洁净实验室）生物工程（重组基因、疫苗制备），因为它说从事的研究对象是对人体和环境有很大危害的物质，如艾滋病防治的研究，这种洁净室的气密性要求比一般洁净室高，施工难度大，安全度要求高，造价也较一般洁净室高，在施工中应加以重视。
