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医院内的空气品质对病人有非常显著的影响，在负压隔离病房内空气品质和换气率更会影响到医院的感染控制。高的换气率可以冲淡病菌的浓度，在低浓度的状态下，许多病菌的传染都会相对下降，因此提高负压隔离病房的换气率，可以降低医护人员的感染机会。
负压隔离病房的建筑材料
在负压隔离病房里，存在较多的传染病毒，在选用物料时必须要以易于清洁、无缝隙、不容易藏污垢，并且能抵受各类型的清洁剂，消毒和烟熏等程序所产生的影响为原则。风管要用刚性的，柔性风管绝不适宜。门要自动关门和水龙头，花洒等要选非接触式，尽量减少直接接触的机会。灯具要足够耐用，减少更换的需要，并且要有保护罩和易于清洁，减少灯具直接接触污染物和藏污垢。
负压隔离病房的排污系统
负压隔离病房的排污系统要特别小心处理，厕所要直接接驳到主污水渠，减少不必要转弯造成的淤塞，洗手盆、地台去水和淋浴盆要通过排水隔气再排到废水渠，防止污气由主系统倒流入室内，增加交叉感染的机会。污水和废水在排出前要消毒处理，避免污染公众排污系统。
负压隔离病房的HEPA滤网
从室外进入负压隔离病房的空气品质可按照普通病房的标准，G4级别的过滤网已可达到相应要求。相反，由于感染病源在隔离病房内，被污染的空气在排除室外前，必须小心处理，以免泄露病毒、污染周边环境。
HTM规定，在有需要时，负压隔离病房的污气在排出前须经过滤网洁净，对于收治高传染性病人的负压隔离病房，建议排出室外的空气需用H13级的过滤网清洁。基于H13清洁的有xiao率为99.95%（% Efficiency at most penetrating particle size MPPS），可以提供好的洁净xiao果。为免造成交叉感染，负压隔离病房的排气必须与其他排气系统分开。
HTM对污气排出的地点和要求也有严格的规定。排气出口须设置在屋顶高位置的三米或以上，且污气出口附近范围不可有可打开的窗门和入气口，防止污气再次进入建筑物。
由于现实环境变化多端，在复杂的环境下，有必要借助计算机辅助虚拟气流分析。此外，抽气扇也要尽量设计在室外近排气出口的位置，如此大部分风管都会处于相对负压的状态，即便风管破损，也可大大降低泄露的程度。
