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为达到污水中污染物质降解的目的，遴选、培养、组合针对污水特别降解能力的微生物菌形成菌群，成为专门的污水处理菌种，是污水处理技术中的几种方式之一。
污水处理菌种源自于大自然，大量的多种类的污水菌种通过人工在实验试筛选出优质的菌种，然后经过一系列的驯化，培养而得到了耐盐，耐冲击，稳定性强的污水处理菌种。菌种担任修复生活，生产已经河道的有机物污染的使命，符合无毒、无公害、无二次污染、对人体无害的原则。能有效去除氨氮、BOD、COD、SS、硝酸根、硫酸根、色度、臭味、毒性物质、化合污染物等，通过污水处理工艺中前端的预处理，然后经过生化厌氧，好氧阶段，从而能够有效的降解水中的污染物。
硝化细菌
硝化细菌 是一种好氧性细菌，污水处理工艺中主要存在与好氧池子或接触氧化池中，池子中会增加曝气设备为消耗细菌提供足够的氧，以便在进行硝化去除氨氮(NH3-N)的过程中获得电子，硝化细菌降废水中的氨氮转化成亚硝酸盐氮再转化成硝酸盐，在一定程度上并可与反硝化菌群形成原始合作关系。
反硝化细菌
反硝化细菌主要在缺氧水中溶解氧低于0.5mg/L，PH在6-9之间的环境下，对好氧池回流过来的混合液进行脱氮作用。废水中的总氮高与缺氧池中微生物不足有一定的联系，同时，也与污水中的碳源有关联，在进行反硝化过程中反硝化细菌所利用的碳源还原剂获得电子。反硝化细菌多为异养、兼性厌氧细菌，如反硝化杆菌、斯氏杆菌、萤气极毛杆菌等。它们在氙气条件下，利用硝酸中的氧，氧化有机物质而获得自身生命活动所需的能量。
COD降解菌种
COD降解菌（COD-degrading bacteria)主要应用于污水生化池降解COD指标使用。主要降解废水中的COD，改善水质色度、增大污泥絮体颗粒、调整污泥絮体结构，抑制藻类生长繁。污水生化池当有机物浓度过高或者生化池池子溶解比较小是，高负荷污水流入容易对生化池中的微生物造成冲击。对于经过预处理后污水的高浓度COD指标，在生化池培养菌种过程中可适当投加一些COD降解菌种，能有效的去除COD指标，同时也能更好的稳定生化系统。
